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matchさんid:match8 さんの
S2Daoで3テーブル結合
http://seasarproject.g.hatena.ne.jp/match8/20040813#1092377807
に対する回答です。

        n     1
Employee--------Company
     n|
      +------Department
              1

こんな関連で
Employeeを元にCompany & Departmentを引っ張ってくるということだと思いますが
OKでしょうか？
この場合
List getAllEmployee()の際にSQLを使用する必要はありません。
これなしで、S2DaoによってSQLが自動生成されます。Employeeのほうからみてn:1の場合S2が自動的に項目を設定します。
本質的な回答ですが、class Department やCompanyの方でもフィールド名のアノテーションを設定しておいてください。
今回の原因は感ですけど、フィールド名のアノテーション指定漏れだとおもいます。n:1の1側に設定が無いのではないでしょうか。